| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 | 终点站 | 终到时间 |
| C3782 | 南通 | 06:08 | 南通 | 06:08 | 南京 | 08:47 | 南京 | 08:47 |
| C3762 | 南通 | 06:25 | 南通 | 06:25 | 南京 | 09:11 | 南京 | 09:11 |
| C3786 | 南通 | 07:15 | 南通 | 07:15 | 南京 | 09:31 | 南京 | 09:31 |
| D5422 | 启东 | 06:50 | 南通 | 07:46 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| C3856 | 上海 | 08:51 | 南通西 | 10:17 | 南京 | 12:48 | 南京 | 12:48 |
| C3860 | 上海 | 09:53 | 南通西 | 11:23 | 南京 | 13:53 | 南京 | 13:53 |
| C3864 | 上海 | 10:20 | 南通西 | 11:45 | 南京 | 14:19 | 南京 | 14:19 |
| D5434 | 启东 | 11:55 | 南通 | 12:43 | 南京 | 15:22 | 南京 | 15:22 |
| C3766 | 南通 | 13:13 | 南通 | 13:13 | 南京 | 15:46 | 南京 | 15:46 |
| D9486 | 南通 | 13:40 | 南通 | 13:40 | 南京 | 16:23 | 南京 | 16:23 |
| D5426 | 启东 | 14:00 | 南通 | 14:50 | 南京 | 17:42 | 南京 | 17:42 |
| C3868 | 上海 | 13:34 | 南通西 | 15:06 | 南京 | 17:35 | 南京 | 17:35 |
| C3772 | 上海虹桥 | 15:09 | 南通西 | 16:33 | 南京 | 19:09 | 南京 | 19:09 |
| D5430 | 启东 | 16:28 | 南通 | 17:19 | 南京 | 20:10 | 南京 | 20:10 |
| K136 | 南通 | 18:34 | 南通 | 18:34 | 南京 | 21:52 | 昆明 | 11:43+2 |
| K137 | 南通 | 18:34 | 南通 | 18:34 | 南京 | 21:52 | 昆明 | 11:43 |
| C3872 | 上海 | 17:40 | 南通西 | 19:05 | 南京 | 21:28 | 南京 | 21:28 |
| D5438 | 启东 | 19:30 | 南通 | 20:18 | 南京 | 22:55 | 南京 | 22:55 |